電子工程系作為高校或科研機構中的重要組成部分，其組織結構的合理設置對于教學、科研及學生培養至關重要。典型的電子工程系通常包括以下核心機構：

1. 系主任辦公室：負責整體管理、發展規劃和對外協調，由系主任領導，可能下設副主任協助分管教學、科研或行政事務。

1. 教學委員會：負責課程設置、教學評估和師資培訓，確保教學質量符合行業標準和學術要求。

1. 科研中心或實驗室：如集成電路實驗室、通信工程實驗室、信號處理中心等，這些機構專注于前沿技術研究，支持教師和學生的創新項目。

1. 學生事務辦公室：管理學生招生、獎學金、實習和就業指導，促進學生全面發展。

1. 學術委員會：由資深教授組成，負責學術規范、職稱評審和學科建設決策。

電子工程系通常與產業界合作設立聯合實驗室或創新基地，以加強產學研結合。這種多層次的組織結構確保了電子工程系在教育、科研和社會服務方面的高效運作，為培養高素質工程人才奠定基礎。